Anthony Stone: computer programma

Link: http://www-stone.ch.cam.ac.uk/programs.html

Ik heb verschillende programma’s beschikbaar om te downloaden. Houd er rekening mee dat ik het auteursrecht behoudt en dat ze niet mogen worden gebruikt voor commerciële doeleinden zonder mijn uitdrukkelijke schriftelijke toestemming. Iedereen die een van deze programma’s gebruikt, wordt gevraagd mij hiervan op de hoogte te stellen via e-mail op [email protected] , zodat ze kunnen worden toegevoegd aan mijn mailinglijst voor bugmeldingen en updates.

Programma details

  • CamCASP . CamCASP (Cambridge-pakket voor de berekening van anisotrope site-eigenschappen) is een verzameling scripts en programma’s geschreven door Dr. Alston Misquitta en mijzelf voor de ab initio berekening van gedistribueerde multipolen, polariseerbaarheden, dispersiecoëfficiënten en afstotingsparameters voor individuele moleculen en interactieenergieën tussen paren van moleculen met behulp van SAPT (DFT). Het programma wordt nog steeds actief ontwikkeld. Naast de programma’s die deel uitmaken van het pakket, gebruikt CamCASP een aantal andere programma’s: Orient en een ab initio-programma, gewoonlijk Dalton of NWChem . Raadpleeg de gebruikershandleiding , die beschikbaar is in PDF-vorm voor volledige informatie.Het programma is gratis beschikbaar voor niet-commercieel academisch gebruik. Vul het licentieaanvraagformulier in als u dit wilt gebruiken. Na ontvangst van uw aanvraag sturen wij autorisatiegegevens om CamCASP te kunnen downloaden .
  • GDMA 2.3 . GDMA is een Fortran-programma voor het uitvoeren van gedistribueerde multipoolanalyse van golffuncties die zijn berekend met behulp van het Gauss-programmasysteem . Dat wil zeggen, het berekent elektrische multipoolmomenten op de atomaire posities of op andere gespecificeerde plaatsen, die een zeer nauwkeurige weergave van het elektrostatische veld van het molecuul kunnen geven. Het maakt gebruik van het opgemaakte controlepuntbestand geproduceerd door het Gauss-programma. Versie 2.3 verwerkt controlepuntbestanden van elke versie van Gaussian. Het kan ook controlepuntbestanden gebruiken die zijn geproduceerd door het Psi4-programmasysteem. Het is ook mogelijk om GDMA met Dalton of NWChem te gebruiken als onderdeel van het CamCASP-pakket. Het GDMA-pakket omvat ook het MULFIT-programma van Ferenczy et al.Instructies voor downloaden en installeren.
  • Oriënterenis een programma voor het uitvoeren van verschillende soorten berekeningen voor een verzameling van interacterende moleculen. Het maakt gebruik van een site-site potentieel gespecificeerd door de gebruiker, inclusief elektrostatische, inductie, repulsie, dispersie en lading-overdracht interacties indien nodig. De elektrostatische interacties kunnen worden beschreven door eenvoudige puntladingen of door meer uitgebreide beschrijvingen met gedistribueerde multipolen tot en met rang 5 indien nodig. Gedistribueerde polariseerbaarheden kunnen indien nodig worden gebruikt en de plaats van afstoting van de site en dispersie en ladingsoverdracht kunnen anisotroop zijn. De energie van het samenstel kan worden berekend op gespecificeerde configuraties en de geometrie kan worden geoptimaliseerd om minima en overgangstoestanden en de paden ertussen te vinden. Moleculaire dynamica en Monte Carlo-berekeningen kunnen op de assembly worden uitgevoerd. Het programma kan druk en diëlektrische tweede viriale coëfficiënten berekenen, inclusief quantumcorrecties tot de viriale drukcoëfficiënt. Het programma kan ook worden gebruikt om interacties te bestuderen met ionische of moleculaire kristaloppervlakken. Clusters van moleculen of periodieke adlagen die aan het oppervlak worden geadsorbeerd, kunnen worden gedefinieerd en hun geometrieën worden geoptimaliseerd. Monte Carlo-berekeningen kunnen ook worden uitgevoerd op de geadsorbeerde cluster of adlayer. De bovenste laag van het kristal kan worden behandeld als een adlayer en de structuur is geoptimaliseerd voor het bestuderen van oppervlakte-reconstructie-effecten. De interactie tussen de oppervlaktelaag en het lichaam van het kristal biedt ook een hulpmiddel voor het bestuderen van de kristalgroeimorfologie met behulp van de hechtingsenergie en gerelateerde hoeveelheden. inclusief kwantumcorrecties op de virale drukcoëfficiënt. Het programma kan ook worden gebruikt om interacties te bestuderen met ionische of moleculaire kristaloppervlakken. Clusters van moleculen of periodieke adlagen die aan het oppervlak worden geadsorbeerd, kunnen worden gedefinieerd en hun geometrieën worden geoptimaliseerd. Monte Carlo-berekeningen kunnen ook worden uitgevoerd op de geadsorbeerde cluster of adlayer. De bovenste laag van het kristal kan worden behandeld als een adlayer en de structuur is geoptimaliseerd voor het bestuderen van oppervlakte-reconstructie-effecten. De interactie tussen de oppervlaktelaag en het lichaam van het kristal biedt ook een hulpmiddel voor het bestuderen van de kristalgroeimorfologie met behulp van de hechtingsenergie en gerelateerde hoeveelheden. inclusief kwantumcorrecties op de virale drukcoëfficiënt. Het programma kan ook worden gebruikt om interacties te bestuderen met ionische of moleculaire kristaloppervlakken. Clusters van moleculen of periodieke adlagen die aan het oppervlak worden geadsorbeerd, kunnen worden gedefinieerd en hun geometrieën worden geoptimaliseerd. Monte Carlo-berekeningen kunnen ook worden uitgevoerd op de geadsorbeerde cluster of adlayer. De bovenste laag van het kristal kan worden behandeld als een adlayer en de structuur is geoptimaliseerd voor het bestuderen van oppervlakte-reconstructie-effecten. De interactie tussen de oppervlaktelaag en het lichaam van het kristal biedt ook een hulpmiddel voor het bestuderen van de kristalgroeimorfologie met behulp van de hechtingsenergie en gerelateerde hoeveelheden. en hun geometrieën geoptimaliseerd. Monte Carlo-berekeningen kunnen ook worden uitgevoerd op de geadsorbeerde cluster of adlayer. De bovenste laag van het kristal kan worden behandeld als een adlayer en de structuur is geoptimaliseerd voor het bestuderen van oppervlakte-reconstructie-effecten. De interactie tussen de oppervlaktelaag en het lichaam van het kristal biedt ook een hulpmiddel voor het bestuderen van de kristalgroeimorfologie met behulp van de hechtingsenergie en gerelateerde hoeveelheden. en hun geometrieën geoptimaliseerd. Monte Carlo-berekeningen kunnen ook worden uitgevoerd op de geadsorbeerde cluster of adlayer. De bovenste laag van het kristal kan worden behandeld als een adlayer en de structuur is geoptimaliseerd voor het bestuderen van oppervlakte-reconstructie-effecten. De interactie tussen de oppervlaktelaag en het lichaam van het kristal biedt ook een hulpmiddel voor het bestuderen van de kristalgroeimorfologie met behulp van de hechtingsenergie en gerelateerde hoeveelheden.De Orient 5.0- programmeerhandleiding is beschikbaar om te downloaden in PDF-indeling.

    Het programma is gratis beschikbaar onder de GNU General Public License (GPL) en door het te downloaden accepteert u de voorwaarden van deze licentie. Ga naarmijn git repository om het te verkrijgen.

  • RRF . Dit is mijn Root Rational Fraction-programma, dat exacte rekenkunde uitvoert op grootheden die vierkante wortels zijn van rationele breuken. Het is vooral bedoeld voor het manipuleren van de formules van de impulsmomentheorie, met name de symbolen Wigner 3j, 6j en 9j. Het kan worden gebruikt als een soort bureaucalculator, of het kan worden gebruikt als een subroutine-bibliotheek in Fortran-programma’s. Verdere details zijn beschikbaar. Download pakket (ongeveer 20K) als een gzipped tarfile of zipbestand . U kunt het programma ook rechtstreeks via internet gebruiken om individuele 3j-, 6j- of 9j-symbolen te berekenen .
  • Fortran invoermodule . Deze Fortran 90-module bevat een routine die invoervelden in ‘woorden’ parseert, en routines die een ‘woord’ lezen en het als een trefwoord gebruiken of in een bepaalde vorm vertalen, meestal een getal met een geheel getal of een dubbele precisie. In combinatie met een eenvoudige CASE-structuur biedt dit een eenvoudige maar krachtige en flexibele methode om gegevensinvoer op een gebruikersvriendelijke manier te organiseren. Het pakket bevat documentatie en een voorbeeldprogramma en gegevensbestand als illustraties van de manieren waarop de module kan worden gebruikt om gegevens te ordenen. Downloaden (19K)
  • OpenGL-modules voor Fortran . In Fortran2003 en latere versies is het mogelijk om C-functies rechtstreeks vanuit Fortran-programma’s op een redelijk eenvoudige manier te callen. Dit maakt de standaard OpenGL grafische bibliotheken beschikbaar voor de Fortran-programmeur. Het is echter noodzakelijk om Fortran-interfaces te definiëren voor de C-procedures en de constanten die als argumenten voor veel van hen worden gebruikt. Aleksandar Donev en Anthony Stone hebben deze taak uitgevoerd. Meer details zijn beschikbaar en het hele pakket , inclusief voorbeeldbestanden die het gebruik illustreren en ook als testbestanden dienen, kan worden gedownload (ongeveer 200K).

Leave a Reply